Identificación y caracterización de un polerovirus en frutilla (Fragaria x ananassa) y su importancia en Argentina

Abstract

Los virus en frutilla son responsables de importantes pérdidas del rendimiento y calidad de los frutos. En Argentina se ha detectado la presencia de Strawberry mild yellow edge virus (SMYEV), Strawberry mottle virus (SMoV) y Strawberry crinkle virus (SCV). Entre 2015 y 2016 en los laboratorios del IPAVE-INTA se obtuvieron fragmentos genómicos correspondientes a un polerovirus infectando frutilla. Simultáneamente se reportó en Canadá a Strawberry polerovirus 1 (SPV1). El objetivo de esta tesis fue identificar y caracterizar específica e intraespecíficamente el nuevo virus detectado en el país, y evaluar aspectos epidemiológicos que permitan dilucidar la importancia del patógeno. Los objetivos específicos fueron: 1) Identificar y caracterizar el posible polerovirus detectado en frutilla de Argentina. 2) Implementar un sistema de diagnóstico capaz de detectar el virus en cultivo. 3) Obtener la secuencia genómica completa de virus. 4) Detectar y analizar la variabilidad específica e intraespecífica del polerovirus y su filogenia. 5) Implementar un sistema de diagnóstico sensible que permita el análisis simultáneo de los virus. 6) Evaluar aspectos epidemiológicos que contribuyan a determinar la importancia y distribución del SPV1 en zonas productoras de frutilla en relación a otros virus presentes. Los resultados confirmaron la presencia de SPV1 en Argentina, se implementó un sistema para su detección y se transmitió a plantas de Fragaria vesca var. Semperflorens “Alpina”. Se obtuvo el 99,5% de la secuencia genómica del virus y su análisis filogenético permitió detectar que SPV1 forma un cluster diferente en el género Polerovirus. Se obtuvieron 8 secuencias del gen de la cubierta proteica del virus y se detectaron diferencias genómicas entre los aislamientos reportados, relacionadas con el origen de plantas madres. Se determinó la incidencia y prevalencia del SPV1 en las principales regiones productoras del país y su relación con los parámetros climáticos, regiones, cultivares, síntomas y su relación con SMYEV, SMoV y SCV, para los cuales se implementó un RT-PCR Multiplex para su detección. El SPV1 fue el tercer virus más frecuente de frutilla en Argentina y se relacionó de manera positiva con la región de Coronda y las precipitaciones.

Strawberry viruses are responsible for significant yield and fruit quality losses. Strawberry mild yellow edge virus (SMYEV), Strawberry mottle virus (SMoV) and Strawberry crinkle virus (SCV) have been detected in Argentina. Genomic fragments belonging to a polerovirus infecting strawberry were obtained at IPAVE-INTA between 2015 and 2016. Simultaneously, Strawberry polerovirus 1 (SPV1) was reported in Canada. The objective of this thesis was to identify and characterize, the new virus detected in the country at the species and intraspecies levels, and to evaluate epidemiological aspects that determine the importance of the pathogen. The specific objectives were to: 1) identify and characterize the possible polerovirus detected in strawberry from Argentina; 2) implement a diagnostic system capable of detecting the virus in the crop; 3) obtain the complete genomic sequence of the virus; 4) detect and analyze the specific and intraspecific variability of the polerovirus and its phylogeny; 5) implement a sensitive diagnostic system that allows the simultaneous analysis of viruses; 6) evaluate epidemiological aspects that contribute to the determination of the importance and distribution of SPV1 in strawberry-producing areas in relation to other viruses present. The results confirmed the presence of SPV1 in Argentina; a system was implemented for its detection and it was transmitted to plants of Fragaria vesca var. Semperflorens "Alpina". Most (99.5%) of the genomic sequence of the virus was obtained and its phylogenetic analysis showed that SPV1 forms a different cluster in the genus Polerovirus. Eight sequences of the virus protein coat were obtained and the reported isolates showed genomic differences, related to mother plant origins. The incidence and prevalence of SPV1 was determined in the main producing regions of the country and its relationship with the climatic parameters, regions, cultivars, and symptoms as well as with SMYEV, SMoV and SCV, for which a Multiplex RT-PCR was implemented for their detection. SPV1 was the third most common strawberry virus in Argentina and was positively related to the Coronda region and precipitations.