Guía para la construcción de modelos de asociación genómica

Abstract

En este texto se describen modelos de asociación que permiten realizar GWAS en paneles de líneas diversas, aún cuando éstas se encuentran estructuradas genéticamente. Para evitar falsos descubrimientos de asociaciones se trabaja primero identificando la estructura genética subyacente en la población de mapeo y luego incorporando la información de correlación entre líneas en los modelos. Adicionalmente, se controla la inflación de la tasa de falsos positivos debida a la inferencia simultánea o multiplicidad de prueba estadísticas que deben realizarse en estudios de asociación con muchos MM. Para facilitar el ajuste de estos modelos se describe el nuevo menú de MA embebido en el software para análisis de datos genéticos Info-Gen (Balzarini y Di Rienzo, 2018) y códigos para implementar cada uno de los procedimientos estadísticos descriptos, tanto para el análisis de EGP como para MA, usando el software R (www.R-org.com). En la última parte de este documento se ilustra cómo trabajar directamente en Info- Gen y cómo ejecutar scripts de R desde el intérprete de R disponible en Info-Gen.