Reporte N°19: Vigilancia de variantes de SARS-CoV-2 en la CABA, provincias de Buenos Aires, Santa Fe, Córdoba y Neuquén. Actualización al 12/04/2021

Abstract

El presente reporte Nº 19 forma parte de los que genera el “Proyecto Argentino Interinstitucional de genómica de SARS-CoV-2”. Resumen: Con el objetivo de estudiar las variantes circulantes del virus SARS-CoV-2 se realizó la secuenciación parcial del gen que codifica para la proteína Spike en muestras de CABA, provincia de Buenos Aires (n=251), provincia de Córdoba (n=9) y Neuquén (n=20), y la secuenciación de genoma completo de muestras de Santa Fe (n=23), en el período del 02/03/21 al 04/04/21. Se identificó la variante 501Y.V1 (Reino Unido) en 54 casos. De estos, 37 corresponden a la CABA y PBA (22 CABA, cuatro GBA oeste, ocho Región Sanitaria nº10 de PBA, tres Bolívar y 11 Olavarría). Excepto por un caso con antecedente de viaje al exterior, el resto correspondería a infecciones adquiridas en la comunidad. Otros cinco casos de la variante 501Y.V1 (Reino Unido) se detectaron en la provincia de Córdoba, todos correspondientes a individuos con antecedente de viaje. En la provincia de Santa Fe se detectó un caso en un individuo sin antecedente de viaje o contacto estrecho con viajeros. Se identificó la variante 501Y.V3 (P.1, Manaos) en un total de 25 casos. Dieciséis casos provienen de la CABA y siete casos de PBA (dos de La Plata, uno de Pilar, uno de Florencio Varela y tres de Olavarría), solo uno con antecedente de contacto con un viajero que regresó del exterior. En la provincia de Córdoba se detectó un caso de la variante 501Y.V3 (P.1, Manaos) en un individuo con antecedente de viaje a zonas afectadas, mientras que en la provincia de Santa Fe se detectó un caso en un individuo sin antecedente de viaje o contacto estrecho con viajeros. Por último, en la provincia de Neuquén no se detectó la presencia de variantes de preocupación en ninguna de las 20 muestras analizadas. Hasta el momento, sobre un total de 1246 muestras analizadas a través de la vigilancia activa, la variante 501Y.V1 (Reino Unido) se identificó en 80 casos -14 asociados a turismo, cuatro con nexo epidemiológico con casos confirmados de esta variante y 62 de origen desconocido-, y se han obtenido los genomas completos en 34 de ellas. La variante 501Y.V3 (P.1, Manaos) en 36 casos -tres de turismo, siete de contacto estrecho con viajeros, uno de contacto estrecho con un caso confirmado y 25 de origen desconocido- y se ha obtenido el genoma completo en 22 de ellas. La mutación S_E484K en forma aislada se detectó en 111 casos -35 de ellos confirmados como linaje P.2- y las mutaciones S_L452R/Q/M en 113 casos -cuatro de ellas confirmados como variante CAL.20C (linaje B.1.427, California)-. Hasta el momento, no se detectó la combinación de mutaciones característica de la variante 501Y.V2 (Sudáfrica). Es muy importante destacar que se ha observado un aumento en la frecuencia de detección de las variantes 501Y.V1 (Reino Unido), 501Y.V3 (P.1, Manaos) y de la mutación S_L452Q en el AMBA en casos sin nexo epidemiológico con turismo durante las últimas semanas epidemiológicas, alcanzando frecuencias del 15,5% (CABA) y del 6,9% (GBA) para la variante 501Y.V1 (Reino Unido), 12,7% (CABA) y del 10,3% (GBA) para la variante 501Y.V3 (P.1, Manaos). Asimismo, en la última semana epidemiológica analizada (fin de marzo) se observó que más del 70% de los virus SARS-CoV-2 que circularon en el AMBA poseen mutaciones en Spike diferentes a las de los virus que circularon en la primera ola. Por lo tanto, ante el aumento sostenido de casos, es sumamente relevante reforzar las medidas sanitarias de prevención de nuevos contagios (distanciamiento físico, ventilación de ambientes, lavado frecuente de manos, uso de barbijos) hasta la disponibilidad de vacunas para toda la población en mayor riesgo de padecer enfermedad severa por SARS-CoV-2.