Reporte N°20: Vigilancia de variantes de SARS-CoV-2 en la CABA, provincias de Buenos Aires, Córdoba, Entre Ríos, Mendoza, Neuquén, Río Negro, San Luis y Santa Fe. Actualización al 07/05/2021

Abstract

El presente reporte Nº 14 forma parte de los que genera el “Proyecto Argentino Interinstitucional de genómica de SARS-CoV-2”. Resumen: Con el objetivo de estudiar las variantes circulantes del virus SARS-CoV-2 en el período comprendido entre el 01/03/21 y el 24/04/21, se realizó la secuenciación parcial del gen que codifica para la proteína Spike en muestras de CABA (n=147), provincia de Buenos Aires (n=296), provincia de Córdoba (n=21), Entre Ríos (n=12), Mendoza (n=15), Neuquén (n=12), Río Negro (n=8), San Luis (n=30) y la secuenciación de genoma completo de muestras de Santa Fe (n=12) y de Córdoba (n=44). Se identificó la variante 501Y.V1 (B.1.1.7, Reino Unido) en 72 casos. De éstos, 24 corresponden a la CABA, 21 a GBA (uno de GBA Norte, 10 de GBA Oeste y 10 de GBA Sur), uno a La Plata y 13 al interior de la PBA (uno de Bahía Blanca, cinco de Tandil, uno de América, uno de San Nicolás, tres de Mercedes, uno de Suipacha y uno de Mar del Plata). Además, tres casos correspondieron a la provincia de San Luis (dos de San Luis Capital y uno de La Punta), dos casos a la provincia de Entre Ríos (Gualeguaychú) y un caso a la provincia de Santa Fe. Todos estos casos corresponderían a infecciones en individuos sin antecedente de viaje al exterior o contacto estrecho con viajeros. Otros siete casos de esta variante se detectaron en la provincia de Córdoba, dos con antecedente de viaje a Méjico y cinco adquiridos en la comunidad (tres de las Varillas, uno de Unquillo y uno de Córdoba Capital). Se identificó la variante 501Y.V3 (P.1, Manaos) en un total de 181 casos. Cuarenta casos provienen de la CABA, 39 casos de GBA (seis de GBA Norte, 18 de GBA Oeste y 15 de GBA Sur), 41 de GLP, 18 del interior de la PBA (12 de Mar del Plata, uno de Tandil, dos de Mercedes, dos de Suipacha, uno de San Antonio de Areco) y dos casos del AMBA sin origen definido. Además, 14 casos correspondieron a la provincia de San Luis (12 de San Luis Capital y dos de Juana Koslay), siete casos a la provincia de Entre Ríos (cinco de Gualeguaychú, uno de Larroque y uno de Villa Paranacito) y dos casos a la ciudad de Santa Fe. Todos estos casos corresponderían a infecciones de individuos sin antecedente de viaje al exterior o contacto estrecho con viajeros. Quince casos provienen de la provincia de Mendoza, correspondientes a un brote de la localidad de General Alvear, que se originó a través del ingreso de un contingente de turistas. En la provincia de Córdoba se detectaron dos casos en individuos con antecedente de viaje a Europa y República Dominicana, mientras que en la provincia de Neuquén se detectó un caso en un trabajador local temporal, residente en La Plata. Hasta el momento, sobre un total de 1848 muestras analizadas a través de la vigilancia activa, la variante 501Y.V1 (B.1.1.7, Reino Unido) se identificó en 152 casos, con 39 de ellas analizadas además por genoma completo. La variante 501Y.V3 (P.1, Manaos) se detectó en 217 casos y se ha obtenido el genoma completo en 25 de ellas. La mutación S_E484K en forma aislada se detectó en 129 casos -46 de ellos confirmados como linaje P.2- y las mutaciones S_L452R/Q/M en 322 casos -13 de ellos con la mutación L452R fueron confirmados como variante CAL.20C (California, 12 del linaje B.1.427 y una del linaje B.1.429) y 80 de ellos con la mutación L452Q fueron confirmados como linaje C.37-. Hasta el momento, no se detectó la combinación de mutaciones característica de la variante 501Y.V2 (Sudáfrica). Es muy importante destacar que se ha observado un aumento en la frecuencia de detección de las variantes 501Y.V1 (Reino Unido), 501Y.V3 (P.1, Manaos) y de la mutación S_L452Q en el AMBA en casos sin nexo epidemiológico con turismo al exterior durante las últimas semanas epidemiológicas, alcanzando en la SE15 frecuencias del 27,1% (CABA) y del 12,8% (GBA) para la variante 501Y.V1 (Reino Unido); 31,3% (CABA) y del 31,9% (GBA) para la variante 501Y.V3 (P.1, Manaos); y del 33,3% (CABA) y del 48,9% (GBA) para la mutación L452Q compatible con linaje C.37. Asimismo, en la última semana epidemiológica analizada (mediados de abril) se observó que más del 90% de los virus SARS-CoV-2 que circularon en el AMBA poseen mutaciones en la proteína Spike que los diferencian de los virus que circularon en la primera ola. Por lo tanto, ante el aumento sostenido de casos, es sumamente relevante reforzar las medidas sanitarias de prevención de nuevos contagios (distanciamiento físico, ventilación de ambientes, lavado frecuente de manos, uso de barbijos) hasta la disponibilidad de vacunas para toda la población.