Reporte N°18: Vigilancia de variantes de SARS-CoV-2 en la CABA, provincia de Buenos Aires y provincia de Córdoba. Actualización al 25/03/2021

Abstract

El presente reporte Nº 18 forma parte de los que genera el “Proyecto Argentino Interinstitucional de genómica de SARS-CoV-2”. Resumen: Con el objetivo de estudiar las variantes circulantes del virus SARS-CoV-2 se realizó la secuenciación parcial del gen que codifica para la proteína Spike en 297 muestras de la CABA y PBA obtenidas en el período 01/02/2021 al 14/03/2021 de individuos sin antecedente de viaje, y en 16 muestras de la provincia de Córdoba en el período 05/02/2021 al 15/03/2021 de individuos con antecedente de viaje, sus contactos estrechos o casos adquiridos en la comunidad. La combinación de mutaciones característica de la variante 501Y.V1 (Reino Unido) se detectó en 16 casos (13 de la CABA y 3 del GBA oeste). Tres de ellos corresponden a contactos estrechos de los casos reportados, mientras que los restantes corresponderían a casos de adquisición en la comunidad. La combinación de mutaciones características de la variante 501Y.V3 (P.1, Manaos) se detectó en tres casos de la CABA, dos de los cuales presentan nexo epidemiológico entre sí. Se detectó un caso de la variante CAL.20C (California) del linaje B.1.427 en la CABA. Los casos detectados de las variantes 501Y.V1, 501Y.V3 y CAL.20C corresponden a individuos sin antecedente de viaje ni contacto estrecho con viajeros. En la provincia de Córdoba se detectaron seis casos de la variante 501Y.V1 (Reino Unido), de los cuales cuatro presentan antecedente de viaje y dos son contactos estrechos de éstos. Además, se detectaron seis casos de la variante 501Y.V3 (P.1, Manaos), de los cuales uno presentó antecedente de viaje y los cinco restantes son contactos estrechos de éste. Respecto de las mutaciones de interés, se detectó la mutación S_E484K en 37 muestras (20 provenientes de la CABA, 13 de GBA sur, una de GBA oeste, una de Lobos, una de Mercedes y una de la ciudad de Villa Dolores de la provincia en Córdoba). Se detectaron las mutaciones S_L452R/Q en 38 muestras, de las cuales siete corresponden a la mutación S_L452R -presente en los linajes B.1.427 y B.1.429 (variante CAL.20C, California)-. Cuatro de ellas corresponden a CABA, dos a Almirante Brown y una a Merlo. Hasta el momento, sobre un total de 943 muestras analizadas a través de la vigilancia activa, la variante 501Y.V1 (Reino Unido) se identificó en 26 casos (2.75 %) -seis asociados a turismo, cinco con nexo epidemiológico con casos confirmados de esta variante y 15 de origen desconocido-; la 501Y.V3 (P.1, Manaos) en once casos (1.16 %) -dos de turismo, seis de contacto estrecho con viajeros, uno de contacto estrecho con un caso confirmado y dos de origen desconocido-; y la mutación S_E484K en forma aislada en 79 casos (8.39 %) -35 de ellos confirmados como linaje P.2- y las mutaciones S_L452R/Q/M en 46 casos -tres de ellos confirmados como variante CAL.20C (linaje B.1.427, California). Hasta el momento, no se detectó la combinación de mutaciones característica de la variante 501Y.V2 (Sudáfrica). La vigilancia activa de las variantes de SARS-CoV-2 realizada sobre un total de 943 muestras de la CABA, provincia de Buenos Aires, Córdoba y la ciudad de Santa Fe (reportes N° 9 a 18) obtenidas entre el 26/10/2020 al 15/03/2021 permitió determinar la presencia de cuatro variantes de interés epidemiológico mundial en nuestro país: la variante 501Y.V1 (Reino Unido), la variante 501Y.V3 (linaje P.1, Manaos), la variante P.2 (Río de Janeiro) y la variante CAL.20C (linaje B.1.427, California).