Reporte nº17 – Provincia de Córdoba – 19 de marzo de 2021. Consorcio interinstitucional para la Secuenciación del genoma y estudios genómicos de SARS-COV-2 (Proyecto PAIS)

Abstract

El presente reporte Nº 17 forma parte de los que genera el “Proyecto Argentino Interinstitucional de genómica de SARS-CoV-2”. Este informe complementa los resultados generados en los Reportes Nº5 y Nº14 cuyos objetivos centrales fueron identificar los linajes virales que ingresaron a Córdoba y monitorear la circulación local del virus a través del muestreo de pacientes con antecedente de viaje a zonas afectadas y del estudio de infecciones adquiridas en la comunidad. En este reporte se realiza además el análisis integrado junto a secuencias previas de SARS-CoV-2 provenientes de Córdoba y de otras provincias de Argentina, obtenidas desde marzo del 2020 por el Consorcio PAIS. Resumen reporte 17: Se realizó la secuenciación del genoma completo de SARS-CoV-2 a partir de 93 muestras de la provincia de Córdoba correspondientes al periodo comprendido entre abril de 2020 y enero de 2021. Las secuencias obtenidas fueron asignadas a 6 linajes: B.1.499 (48,4%), N.3 (39,8%), B.1 (3,2%), B.1.1.33 (4,3%), B.1.1.222 (3,2%) y B.1.2 (1,1%). Si bien los linajes observados coinciden con los reportados previamente en Argentina, en Córdoba se registró un cambio en la proporción de los linajes en circulación reciente respecto a los previamente detectados en esta región. Como parte de la evolución natural del virus, se encontraron cambios aminoacídicos en distintas regiones del genoma viral de algunas secuencias, entre ellas en la región que codifica para la proteína Spike. Sin embargo, las implicancias de estos cambios se encuentran bajo análisis y no revisten por el momento consecuencias en la biología viral. Participantes en este reporte: Nodo de toma, procesamiento de muestras clínicas y análisis epidemiológicos: Laboratorio Central, Ministerio de Salud de la provincia de Córdoba: Gabriela Barbás, Gonzalo Castro, Paola Sicilia y Laura López. Instituto de Virología “Dr. J. M. Vanella” Facultad de Ciencias Médicas - Universidad Nacional de Córdoba: Viviana Ré, María Belén Pisano. Nodo de secuenciación de Córdoba: IPAVE-INTA-CIAP: Franco Fernández, Nathalie Marquez y Humberto Debat. Nodo de secuenciación de Rafaela-Santa Fe: EEA Rafaela-INTA-CONICET: Matías Irazoqui, Ariel Amadío. Nodo evolución: Carolina Torres, Débora Marcone, Laura Mojsiejczuk, María Dolores Blanco Fernández, Andrés Culasso, Humberto Debat, Mariana Viegas.